Туда, где его потом можно будет найти. 
Пути поиска модулей указаны в переменной sys.path. 
В него включены текущая директория (то есть модуль можно оставить в папке с основной программой), а также директории, в которых установлен python. 
Кроме того, переменную sys.path можно изменять вручную, что позволяет положить модуль в любое удобное для вас место (главное, не забыть в главной программе модифицировать sys.path).